Bon, c'est résolu.
J'ai mis "true" pour 'transliteration' et 'convert_spaces' dans /modules/TinyMCE/responsive_filemanager/filemanager/config/config.php
Et ça renomme bien les fichiers en remplaçant les caractères spéciaux et les espaces au moment où ils sont sélectionnés dans TinyMCE.
Ça me semblerait plus logique que ce soit fait directement au moment de l'upload dans le FileManager, ça n'obligerait pas à utiliser TinyMCE, mais bon en attendant cela fonctionne aussi comme ça.
J'ai mis "true" pour 'transliteration' et 'convert_spaces' dans /modules/TinyMCE/responsive_filemanager/filemanager/config/config.php
Et ça renomme bien les fichiers en remplaçant les caractères spéciaux et les espaces au moment où ils sont sélectionnés dans TinyMCE.
Ça me semblerait plus logique que ce soit fait directement au moment de l'upload dans le FileManager, ça n'obligerait pas à utiliser TinyMCE, mais bon en attendant cela fonctionne aussi comme ça.