[bess]

je te confirmes deux choses :

un lien vers les réseaux sociaux reproduit le même cas que toi : fenêtre externe + popup toujours là
un lien vers le reste de mon site relance la page courante et ferme donc la popup.

Comportement normal quoi...

Maintenant si tu veux fermer la popup "au clic" d'un lien externe il va falloir jouer avec le JS et bizarrement ton code proposé me semble cohérent.

Un site pour tester ? peut être une erreur JS ?